Pada tahun 2001 resmi keluar Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional No. 236/0/2000 tentang pendirian Fakultas Teknik pada UNRI tanggal 21 Desember 2000, sehingga Fakultas Teknik resmi berdiri di UNRI.
Pada tahun 2001 telah dibuka pula Program Studi Pendidikan Dokter (PSPD) yang akan menjadi Fakultas Kedokteran di UNRI.
Kemudian disusul dengan Program Studi Ilmu Hukum yang mulai beroperasi 2002.
Pada tahun 2005, Universitas Riau membuka Fakultas Kedokteran dan Fakultas Hukum.
Pada Tahun 2017 didirikan Fakultas Keperawatan.
Pada tahun yang sama, Fakultas Ekonomi berubah menjadi Fakultas Ekonomi dan Bisnis serta Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan menjadi Fakultas Perikanan dan Kelautan.
Disamping ke sepuluh fakultas tersebut, UNRI memiliki Pasca Sarjana yang terdiri dari 3 Prodi S3 dan 20 Prodi S2.
Perguruan tinggi ini mengalami banyak perubahan-perubahan dari segi struktur manajemen dan personil top manajemennya.
Sesuai dengan perkembangan dan pengembangan selama 58 tahun (2020), di lingkungan UNRI terdapat beberapa lembaga struktural dan lembaga fungsional, yaitu: Rektor dengan empat Wakil Rektor, Biro Umum dan Keuangan (BUK), Biro Akademik Kemahasiswaan (BAK), dan Biro Perencanaan dan Hubungan Masyarakat (BPHM).
Sejak berdiri (1962 hingga 1978), UNRI memakai sistem Presidium, tercatat tokoh-tokoh yang pernah duduk sebagai 4 ketua presidium: Brigjen H. Kaharuddin Nasution(1962- 1967); Brigjen H. Arifin Achmad (1967-1978) dan Prof. Drs. H.M. Farid Kasmy (1978-1980).
Pada periode ini UNRI dapat dikatakan sebagai masa peralihan dari sistem Presidium kepada sistem Rektor.
Untuk itu ditunjuklah Prof. Drs. H.M. Farid Kasmy sebagai pejabat sementara Rektor. UNRI mempunyai Rektor definitif berdasarkan Surat Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 148/M/1980.
Tercatat sebagai Rektor UNRI, Yaitu: 1)Prof.Dr.Muchtar Lutfi (1980-1984, 1985-1989), 2) Prof. Drs. M. Bosman Saleh, MBA (1989 – 1993), 3)Prof. Dr. Mohammad Diah (1993-1997), 4) Prof. Dr. Muchtar Ahmad (1997-2001, 2001-2005), 5) Prof. Dr. Ashaluddin Jalil, MS (2005- 2014), 6) Prof.Dr.Ir. Aras Mulyadi, DEA (2014-2018, 2018-2022, Prof. Dr. Sri Indarti, SE., M.Si (2022-2026).
UNRI memiliki beberapa kampus untuk mendukung penyelenggaraan kegiatan akademik dan non-akademik.
Kampus utama disebut Kampus Bina Widya seluas 345,617 hektar telah difungsikan sejak tahun 1983 dan terletak sekitar 12,5 km dari Pusat Kota Pekanbaru.