Kawasan Taman Nasional Betung Kerihun terdapat 8 (delapan) tipe ekosistem yang terdiri dari : Hutan Dipterocarpaceae Dataran Rendah (Low Land Dipterocarp Forest), Hutan Alluvial (Alluvial Forest), Hutan Rawa (Swamp Forest), Hutan Sekunder Tua (Old Secondary Forest), Hutan Dipterocarpaceae Bukit (Hill Dipterocarp Forest), Hutan Berkapur (Limestone), Hutan Sub Pegunungan (Sub-Montane Forest), dan Hutan Pegunungan (Montane Forest).
Sementara itu, ditinjau dari keanekaragaman jenis pohon, hutan Taman Nasional Betung Kerihun memiliki keragaman jenis yang tinggi dan beberapa diantaranya merupakan jenis baru.
Hutan Dipterocarpaceae dataran rendah yang merupakan porsi terbesar dari Taman Nasional Betung Kerihun mempunyai keanekaragaman jenis yang tinggi dan umumnya dari marga Dipterocarpus, Dryobalanops, Hopea, Parashorea, Shorea, vatica.
Sebagai contoh adalah jenis Amyxa pluricormis yang merupakan kerabat kayu Gaharu (Aquilaria spp.) tidak hanya endemik borneo, namun juga merupakan marga yang tunggal.
Selain itu, pisang jenis baru Musa lawitiensis dan beberapa jenis flora temuan baru (new record) seperti Neo uvaria, Acuminatissima, Castanopsis inermis, Lithocarpus phillipinensis, Chisocheton caulifloris, Eugenia spicata, dan Shorea peltata juga didapat.
Keanekaragaman nabati yang tinggi ini terlihat juga dengan jenis di setiap famili tumbuhan.
Suku Dipterocarpaceae misalnya, mempunyai jumlah jenis terbesar, yaitu 121 dari total 267 jenis yang tumbuh di Borneo.
Marga Shorea saja mempunyai jumlah jenis tidak kurang dari 30 jenis.
Suku tumbuhan lain yang mempunyai jumlah jenis banyak adalah Euphorbiaceae (73), Clusiaceae (33), Burseraceae (30), Mrytaceae (28).
Oleh karena itu, sedapat mungkin hutan tropis primer ini jangan sampai mendapatkan gangguan yang terlalu intensif terutama yang diakibatkan oleh manusia, karena kelestarian keanekaragaman jenisnya akan cepat menurun.
Keanekaragaman jenis fauna di Taman Nasional Betung Kerihun cukup tinggi baik yang belum maupun yang sudah dilindungi oleh Peraturan Perundangan.
Dari kelompok mamalia terinventarisir 48 jenis mamalia, diantaranya adalah Harimau Dahan (Muntiacus muntjak), Kijang Emas (Mutiacus atherodes), Rusa Sambar (Cervus sp) dan Kancil (Tragulus napu) dan satu jenis berang-berang (Lutra sumatrana) yang dinyatakan langka oleh IUCN ternyata masih bisa ditemui di DAS Mendalam.
Keanekaragaman fauna di Taman Nasional Betung Kerihun sangat tinggi dan beberapa diantaranya merupakan jenis baru.
Dari kelompok primata ditemukan sebanyak 7 jenis, yaitu : orang utan (Pongo pygmaeus), Kelempiau (Hylobates muelleri), Hout (Presbytis frontata), Kelasi (Presbytis rubicunda), Beruk (Macaca nemestrina), Kera (Macaca fascicularis), dan Tarsius (tarsius bancanus).