Kelahiran PERPAPRI di Jakarta didorong oleh semangat juang yang tidak mengenal pensiun.
Pada tanggal 10 sampai dengan 12 September 1959, PERPAPRI menyelenggarakan Kongres Nasional – I di Kaliurang Yogyakarta yang juga dihadiri oleh perwakilan dari Yogyakarta, Jawa Barat, Jawa Timur dan PPAPRI Solo.
Kongres ini menghasilkan keputusan yang sangat monumental yakni sepakat mempersatukan seluruh organisasi pensiunan dan Janda APRI/Janda pensiunan dalam satu wadah, dengan nama Persatuan Pensiunan Angkatan Perang Republik Indonesia disingkat PERPAPRI serta menyepakati landasan perjuangan dan identitas organisasi, yang kemudian dirumuskan dalam kode kehormatan “Catur Dharma.”
Organisasi pensiunan dan janda APRI/janda pensiunan, telah lahir di bumi Indonesia. Inilah cikal bakal organisasi PEPABRI.
Dalam perjalanannya, sesuai dengan kebutuhan organisasi, PEPABRI telah melakukan 8 (delapan) kali penyempurnaan Anggaran Dasar dan Anggaran Rumah Tangganya; membentuk beberapa badan extra struktural; merubah istilah Kongres Nasional menjadi Musyawarah Nasional sejak 1967; merubah jangka waktu Musda dari 3 (tiga) tahun sekali menjadi 5 (lima) tahun sekali; serta beberapa kali merubah istilah Pengurus Besar menjadi Pengurus Pusat, kemudian menjadi Dewan Pimpinan Pusat hingga sekarang.
Sekitar awal 60-an, ketika pengaruh faham komunisme terasa sangat kuat di negeri ini, PEPABRI dengan tegas mengambil sikap menolak konsep Nasakom.
Sikap ini dikeluarkan sebagai hasil keputusan Kongres Nasional – II tahun 1961 di Tretes, Jawa Timur.
Pada awal tahun 1964 para pensiunan POLRI membentuk organisasi yang bernama Persatuan Pensiunan Angkatan Kepolisian Republik Indonesia disingkat PPAKRI.
Kongres Nasional – III PEPABRI yang dilaksanakan di Lembang Bandung pada bulan April 1964, mengikut sertakan PPAKRI.
Kongres menghasilkan keputusan penting antara lain menerima pengintegrasian PPAKRI ke dalam PEPAPRI, menyepakati perubahan nama PEPAPRI menjadi Persatuan Purnawirawan Angkatan Bersenjata Republik Indonesia disingkat PEPABRI, merubah sebutan pensiunan menjadi purnawirawan dan Janda ABRI/Janda purnawirawan menjadi warakawuri.
Serta menetapkan tanggal 12 September sebagai hari Purnawirawan dan hari lahir PEPABRI.
Anggaran Dasar yang berlaku ketika itu menyatakan antara lain bahwa PEPABRI adalah organisasi massa non partai.
Mengutuk Peristiwa Pemberontakan PKI
Peristiwa G30S/PKI pada tahun 1965, diyakini oleh PEPABRI sebagai perbuatan makar PKI untuk menggulingkan pemerintahan yang sah.
Oleh karenanya, PEPABRI dengan serta merta mengutuk peristiwa pemberontakan PKI itu sebagai perbuatan biadab.