Munas ke-XII PEPABRI pada bulan Oktober 2002 berhasil memilih pengurus baru, melakukan penyesuaian dan penyempurnaan AD & ART, menetapkan Visi dan Misi PEPABRI ke depan, serta menyusun Program Umum PEPABRI tahun 2002-2007.
Munas ke-XII intinya memutuskan kebijakan-kebijakan dasar organisasi setelah mencermati perkembangan yang terjadi.
Tujuan luhur PEPABRI yang dicanangkan sejak berdirinya tetap tidak berubah, yakni memperkokoh solidaritas, meningkatkan kesejahteraan anggota dan tetap bertekad memberikan sumbangsih kepada bangsa dan Negara.
PEPABRI tetap berdiri tegak pada akarnya, berdasarkan Pancasila dan serta menjunjung tinggi nilai-nilai luhur yang terkandung dalam Sapta Marga dan Tribrata.
Walaupun zaman menghendaki adanya pemisahan fungsi pertahanan dan fungsi keamanan namun hal ini tidak merubah sikap dan pandangan PEPABRI.
PEPABRI tetap memandang institusi TNI dan POLRI merupakan Almamater Purnawirawan dan Warakawuri.
Hubungan mendalam baik yang bersifat historis, psikologis, emosional, maupun jiwa korsa masih terasa sangat kuat.
PEPABRI memandang adanya “Benang Emas” yang tetap menjalin hubungan dan ikatan batiniyah dengan TNI dan POLRI.
Menyesuaikan dengan perkembangan yang terjadi, PEPABRI kemudian menjadi Persatuan Purnawirawan dan Warakawuri TNI dan POLRI, dengan tetap diberi nama “PEPABRI,” karena “PEPABRI” merupakan sebutan yang sudah lama dikenal.
Organisasi PEPABRI terdapat di seluruh wilayah tanah air, di tingkat Pusat disebut Dewan Pimpinan Pusat (DPP), di tingkat Propinsi disebut Dewan Pimpinan Daerah (DPD), di tingkat Kabupaten/Kota disebut Dewan Pimpinan Cabang (DPC), di tingkat Kecamatan disebut Pimpinan Anak Cabang (PAC), di tingkat Kelurahan/Desa disebut Pimpinan Ranting (PR).
Semua unsur pimpinan pimpinan dipilih secara demokratis oleh para anggota dalam musyawarah di tingkat organisasi masing-masing.
DPP PEPABRI terdiri dari seorang Ketua Umum, seorang Sekretaris Jendral, 5 (lima) orang Ketua Departemen dan seorang Bendahara, yang dipilih langsung oleh peserta Musyawarah Nasional (Munas).
Berkenaan dengan keanggotaan, PEPABRI terbuka bagi seluruh Purnawirawan dan Warakawuri serta pensiunan Pegawai Negeri Sipil di lingkungan TNI dan POLRI, dengan menganut sistem stelsel aktif.
Sebagaimana lazimnya sebuah organisasi kemasyarakatan, keanggotaan ini terbagi menjadi Anggota Biasa, Anggota Luar Biasa dan Anggota Kehormatan.
Dalam hal penyaluran aspirasi politik, PEPABRI menghormati hak politik anggotanya sebagai warga negara.