Di tahun 2004, Thomas bergabung dengan Comexindo Internasional dan menduduki posisi sebagai Direktur Pengembangan Bisnis (2004–2008), Deputi CEO (2008-2009), dan CEO pada 2010–2024.
Ia juga menjabat sebagai Deputi CEO Arsari Group pada 2011 hingga 2024.
Sejak 2008, Thomas mengemban tugas sebagai Bendahara Umum Gerindra.
Berdasarkan Keputusan Presiden No.45/M Tahun 2024, Presiden Republik Indonesia, Joko Widodo, melantik Thomas A. M. Djiwandono sebagai Wakil Menteri Keuangan di Kabinet Indonesia Maju pada tanggal 18 Juli 2024.
Thomas terpilih kembali menjadi Wakil Menteri Keuangan pada Kabinet Merah Putih masa pemerintahan Presiden Prabowo Subianto dan Wakil Presiden Gibran Rakabuming Raka, dan dilantik pada tanggal 21 Oktober 2024 oleh Presiden Prabowo Subianto.
Hingga akhirnya, Thomas Djiwandono terpilih sebagai Deputi Gubernur Bank Indonesia (BI) menggantikan Juda Agung pada Senin (26/1/2026).
(*)